Sfârşitul războiului Crimeii, desfăşurat între Rusia şi Turcia (1853 – 1856), a avut ca urmare încheierea Tratatului de pace de la Paris, din martie 1856, prin care s-a hotărât ca trei judeţe din sudul Basarabiei – care fusese ocupată de ruşi, în 1812, prin Tratatul de pace încheiat, la Bucureşti, între ruşi şi turci – anume Cahul, Bolgrad şi Ismail să fie retrocedate României. După alipirea lor la Moldova, viaţa bisericească de aici a fost reorganizată, din încredinţarea Mitropolitului Sofronie Miclescu al Moldovei (1851 – 1860) şi prin Decretul mitropolitan nr. 720 / 01 mai 1857, de către arhiereul Filaret Scriban care a înfiinţat, la Ismail, un «Consistoriu duhovnicesc» pentru rezolvarea problemelor bisericeşti care nu necesitau intervenţia mitropoliei, precum şi o şcoală bisericească, pentru propăşirea românilor, din aceste locuri, prin şcoală şi Biserică. Scopul acestei administraţii consistoriale a fost acela de a îndruma, din punct de vedere religios şi cultural, populaţia românească din sudul Basarabiei.
Realizând întreita însemnătate morală, culturală şi naţională pe care o poate avea existenţa unei episcopii pentru românii din părţile Dunării de Jos şi din sudul Basarabiei, la 17 noiembrie 1864, prin Decretul domnesc nr. 1617/ 17 noiembrie 1864, semnat de domnitorul Ioan Alexandru Cuza, s-a înfiinţat, aici, Episcopia Dunării de Jos, cu reşedinţa la Ismail. Această nouă eparhie era sufragană Mitropoliei Moldovei şi avea jurisdicţie canonică peste judeţele Ismail, Bolgrad, Covurlui (luat de la eparhia Huşi care primea, în schimb, judeţul Cahul) şi Brăila (luat de la eparhia Buzăului). Prin acelaşi Decret domnesc, Episcopul Melchisedec Ştefănescu a fost numit Locotenent de episcop al Eparhiei Dunării de Jos şi, mai apoi, episcop titular (10 mai 1865), păstorind această eparhie nou înfiinţată din 17 noiembrie 1864 pînă în 27 februarie 1879, cînd a fost ales episcop al Eparhiei Romanului (1879 – † 16 mai 1892). El este cel care înfiinţează aici şi o şcoală bisericească (1857) care va fi transformată, în anul 1864, în Seminar teologic eparhial cu 4 clase.
Episcopia Dunării de jos şi-a avut reşedinţa episcopală în oraşul Ismail timp de 14 ani (1864 – 1878). În anul 1878, prin Tratatul de pace de la Berlin, cele trei judeţe au fost luate din nou de Imperiul ţarist – intrînd sub jurisdicţia Arhiepiscopiei Chişinăului – în schimbul realipirii Dobrogei, cu judeţele Tulcea şi Constanţa, aflate până atunci sub stăpânire turcească, la ţara mamă, România. Astfel, Eparhia Dunării de Jos pierde jurisdicţia peste judeţele Ismail şi Bolgrad şi rămâne cu jurisdicţia peste judeţele Covurlui şi Brăila, la care se adaugă noile judeţe, Tulcea şi Constanţa.
Datorită acestui fapt, prin Adresa Ministerului Cultelor nr. 9773 / 05 octombrie 1878 către episcopul Melchisedec Ştefănescu, Episcopia Dunării de Jos, împreună cu Seminarul eparhial şi cu tot personalul lor, se mută în oraşul Galaţi. Această strămutare, deşi a fost considerată provizorie pentru moment, totuşi a fost confirmată definitiv prin Legea din 7 februarie 1881 şi promulgată prin Decretul regal 293 / 1881.
Sub această nouă configuraţie teritorială, Eparhia Dunării de Jos îşi va desfăşura activitatea misionară şi pastorală sub păstorirea episcopului Mechisedec Ştefănescu, până în anul 1879, când Iosif Gheorghian (1879 – 1886) va deveni episcop al Dunării de Jos. Noul episcop a găsit Dobrogea într-o situaţie dramatică: 117 biserici şi 3 mănăstiri, dintre care una românească (Cocoş) şi două ruseşti. În anii următori sub păstorirea episcopilor Iosif Gheorghian – promotorul proiectului de reorganizare al tuturor comunităţilor bisericeşti din Dobrogea – şi Partenie Clinceni (1886 – 1902) – personalitate recunoscută prin construcţia a 100 de biserici şi şcoli în Dobrogea – situaţia bisericească se va îmbunătăţi prin zidirea de noi biserici, înzestrarea cu cele necesare slujirii pentru cele deja existente, hirotonirea de preoţi numai dintre absolvenţii de seminar, înfiinţarea de noi schituri (Saon). Spre sfârşitul secolului al XIX-lea se construieşte la Galaţi un monumental Palat episcopal, iar la începutul secolulu XX actuala Catedrală arhiepiscopală şi se reînfiinţează Seminarul teologic cu 8 clase, desfiinţat în anul 1893.
Pr. Ioan Alexandru Budeşteanu